Die Geschichte der Pfarrei und die Kirche in Wizna beginnt im Jahr 1300, wenn es eine hölzerne Kapelle auf der Burg errichtet wurde. Im Jahr 1390, eine Holzkirche von St. Markus des Evangelisten, wurde zweimal verbrannt von Litauern und Kreuzritter. Der erste Pfarrer war Placidus Cracovinus, Benediktiner von Tyniec. Die Kirche stand an der Stelle, wo sich jetzt der Friedhof befindet. Nach Unterlagen von Zygmunt Glover geht hervor, dass in Wizna war dann 760 Häuser, Menschen in den naheliegenden Ortschaften 4800, in der gleichen Wizna 2000 (...) Davon 8 Priester, und 360 Schüler in der Schule damals waren.
Fürstin Anna Mazowiecka im Jahr 1500 finanzierte eine neue Backsteinkirche mit dem Patron St. Johannes der Täufer, auf dem Ort, wo es sie jetzt steht. Der Bau und die Kirche war 1525 fertiggestellt. Es ist erbaut am Hang der Narew auf einem Hügel namens „Gardens“, wurde leider während der schwedischen Invasion, sowie durch zwei Brände zerstört.
Im Jahr 1884 erhielt die Kirche ihre endgültige Form. Im Jahr 1944 wurde die Kirche von den abziehenden Deutschen gesprengt und in den Jahren 1951-1958 Bemühungen Pfarrer Telesfor Podbielski wiederaufgebaut. Derzeit ist es eine Rekonstruktion die Kirche in ihrer ursprünglichen, gotischen Form. Neben die Kirche steht ein Glockenturm aus Backstein, der um 1650 erbaut wurde.
Die Kirche und ihre Umgebung sind einzigartig in der Region. Sie schaffen eine Einheit, die an die reiche Geschichte der Ortschaft und ihre große Bedeutung im Mittelalter und in der Renaissance hinweisen und auch bezeugen.